Identificazione di associazioni tra fattori di trascrizione e di loro complessi regolatori della trascrizione del DNA

The mechanisms involved in the regulation of gene expression and the role in them played by transcription factors, are object of study for the understanding of the causes of tumorigenesis and the growth of several types of cancer. Having large quantities of location data of the regulatory factors in the DNA and being able to extract them and process them through ad-hoc developed softwares, enrich and help the biological research, through the use of statistical and bioinformatical tools. The obtained results, in fact, besides producing new knowledge in this eld, offer new ideas to biological research and could lead to the development of new cancer therapies and the introduction of prognostic biomarkers. In this thesis is proposed an innovative approach to the search for associations between regulatory factors through the research of association rules and the evaluation of the relevance of some transcription factors in regulatory complexes. Thanks to the confirmation of most of the results proposed in this thesis with those obtained by another computational method in the literature and already known in biological knowledge, the analythical method here proposed is proved to be useful, offering new interesting ideas for research in this field.

I meccanismi coinvolti nella regolazione dell'epressione genica e il ruolo ricoperto in essi dai fattori di trascrizione, sono oggetto di studio anche per la comprensione delle cause della cancerogenesi e della crescita di diversi tipi di tumore. Disporre di grandi quantitá di dati di localizzazione dei fattori regolatori nel DNA ed essere in grado di estrarli ed elaborarli attraverso software sviluppati ad-hoc, permettono di arricchire e aiutare la ricerca biologica con strumenti statistici e bionformatici. I risultati cosí ottenuti, infatti, oltre a produrre nuova conoscenza in tale ambito, offrono nuovi spunti alla ricerca biologica e potrebbero portare allo sviluppo di nuove terapie antitumorali e l'introduzione di biomarcatori prognostici. In questa tesi é proposto un approccio innovativo per la ricerca di associazioni tra fattori regolatori attraverso la ricerca di regole di associazione e la valutazione della rilevanza di alcuni fattori di trascrizione in complessi regolatori. Vista la conferma di gran parte dei risultati proposti in questa tesi con quelli ottenuti da un altro metodo computazionale presente in letteratura e con conoscenze biologiche giá note, il metodo di analisi proposto si é rivelato utile, offrendo nuovi interessanti spunti per la ricerca in tale ambito.