The edge swap method for detecting synthetic lethal mutations in cancer

In the context of joint work on defining mutual exclusion between expressed genes in cancer, we have developed the Edge Swap method, which adapts a method by Ciriello et al. to the work done by Srihari et al. The Edge Swap method was applied to BRCA, OV, PRAD and COADRED cancer types, using data provided by TCGA and retrieved from GMQL, a project by the GeCo group. The aim of this thesis is targeted to the definition of the method and its comparison with other methods, in particular with the Hypergeometric method used in previous work by Srihari et al. The Edge Swap method was able to identify gene couples considered to be mutual exclusive with each other. Moreover, thanks to the collaboration with Limsoon Wong and Sriganesh Srihari, from Singapore university, we were able to also have a biological feedback on synthetic lethality on the couples identified to be mutually exclusive by the result of our research, especially by pathways enrichment analysis.

Per cercare di definire la mutua esclusione tra l'espressione dei geni nel cancro, è stato sviluppato il metodo Edge Swap, che si ispira al metodo presentato da Ciriello et al. ed è stato applicato al lavoro di Srihari et al. Il metodo Edge Swap è stato applicato ai seguenti tumori: BRCA, OV, PRAD e COADRED; sono stati utilizzati i dati provenienti da TCGA forniti da GMQL, un progetto del gruppo GeCo. Lo scopo di questa tesi di laurea magistrale è la definizione del metodo e la comparazione con altri metodi, in particolare con il metodo Hypergeometric usato in lavori precedenti da Srihari et al. Il metodo Edge Swap è riuscito ad identificare coppie di geni considerate mutualmente esclusive tra loro. Inoltre, grazie alla collaborazione con Limsoon Wong e Sriganesh Srihari dell'università di Singapore, è stato possibile ottenere anche un riscontro biologico riguardo la letalità sintetica delle coppie risultatanti come mutualmente esclusive dal risultato della ricerca, utilizzando soprattutto l'analisi dei percorsi biologici delle linee cellulari.